药用植物研究所中药鉴定中心是国内专业从事中药鉴定研究的机构。鉴定中心以支撑和引领我国中药鉴定学为目标，重点解决药用植物鉴定研究的难点、热点问题，建成多学科交叉融合的国内顶尖从事中药鉴定的先进机构。中心现有职工10人，其中正、副研究员7人，硕士和博士研究生导师6人、在读硕士和博士研究生15人。拥有郭宝林研究员、宋经元研究员、林余霖研究员等国内外知名专家以及一批高水平的中药鉴定科研人才。秉承“求真务实 科学发展”的所训，中心人员开拓创新、勇于钻研，推动中药鉴定研究的快速发展。

在国际上首次建立中药材DNA条形码鉴定技术体系，引领中药鉴定学科国际前沿方向，获得国内外高度关注。鉴定中心成立以来先后承担了国家高技术研究发展计划（863计划）、国家科技基础性工作专项、国家“十二五”科技支撑计划、、国家自然科学基金等科研项目，打造了“中药资源学”教育部长江学者和创新团队等充满活力的科研队伍。在中药材DNA条形码鉴定研究中取得了突出成绩。在国内外首次验证提出ITS2作为药用植物通用的条形码序列，该研究结果为整个陆地植物界潜在通用的条形码序列筛选提出了新的视角，由此引起同行广泛关注和讨论。相关研究论文发表后，被德国专业网站选为近25年来在ITS2领域最受关注的16篇文章之一，单篇引用已达480次。在Biotechnology Advances、Cladistics、PNAS、Nature Communications、New Phytologist、PLoS ONE、BMC Evol Biol、J Ethnopharmacol、Planta Med、《中国科学》、《科学通报》和《药学学报》等国内外学术杂志发表论文100余篇。根据中国科学技术信息研究所公布的最新中国科技论文统计结果，三篇条形码相关论文“药用植物DNA条形码鉴定策略及关键技术分析”、“基于DNA barcoding（条形码）技术的中药材鉴定”和“重楼属药用植物 DNA 条形码鉴定研究”被评为“中国百篇最具影响优秀国内学术论文”。由于中心人员在植物DNA条形码筛选中的突出成绩，国际和国内学术交流更加活跃，行业地位稳步提升。受CBOL植物工作组的邀请，在墨西哥城举办的“第三届国际条形码大会”上做了题为“Why we choose ITS2 locus for barcoding plants”和“Use of ITS2 region as a universal barcode to identify medicinal plants” 二个学术报告,并和香港大学合作报告了“The psbA-trnH intergenic spacer region database-a web service for DNA barcoding”。此外，完成编著《中国药典中药材DNA条形码标准序列》（科学出版社）和《中药DNA条形码分子鉴定》（人民卫生出版社）专著。起草中药材DNA条形码分子鉴定指导原则已获准纳入《中华人民共和国药典》增补本，为中药材建立了通用的“分子鉴定身份证”。“中草药DNA条形码生物鉴定体系”获得中华中医药学会自然科学一等奖，同时与英国、德国、澳大利亚等高校和机构合作开展推广中药DNA条形码鉴定技术，推动中药的国际化和现代化。

其他鉴定方面的研究有：1）傅里叶变换红外光谱鉴定方法（FTIR），该方法已经成为利用复杂体系混合物的光谱特征进行天然物质鉴定的有效手段，在食品、能源等领域已经应用非常广泛。2010版药典已经收录了方法，我们正在针对药用植物和中药材来源复杂、问题多样的情况，开发出药材的鉴定方法，FTIR方法对于药材不同产地和不同加工等问题具有解决途径，因此是DNA条形码的有效补充。2）植物生理生态特征的鉴定方法，结合生理生态特征检测和生物信息学数据快速处理，可以实现快速、高通量的药用植物生理生态指标特征的检查和鉴定，这是全球农作物和经济作物的重要发展方向，我们在药用植物中为全国首次开展该方面的研究，将发展成为药用植物良种选育的有效方法。

药植所的中药鉴定中心一直以来以解决行业和产业问题为宗旨。如DNA条形码鉴定已成功举办五期中药DNA条形码鉴定高级研修班，得到国内有关高等院校、药品检验检疫、企业、海关和公安等单位的积极响应。多家国内知名中药企业签订合作协议，为企业建立鉴定平台和鉴定数据库，推动DNA条形码鉴定技术在国内的推广和发展。也为几个企业建立了原料药材和产品的FTIR鉴定平台和鉴定数据库。深入基层调查，密切关注药材产地、市场流通和企业生产等出现的问题，从发现问题中立项开展研究，是本中心的研究目标之一，已经成为本行业中最具实力的鉴定问题解决团队。